Правоохранители ученому не поверили, и суд вынес решение об аресте, несмотря на показания родственников и коллег задержанного.
Ситуация усугубилась после встречи Цветкова с Андреем Алешиным – вторым обвиняемым по делу об убийствах, который сотрудничал со следствием и пытался скостить себе срок, опознав в ученом своего подельника. Сложившаяся ситуация серьезно повлияла на Цветкова. Он был настолько деморализован, что написал явку с повинной – к этому его подвело не столько плохое самочувствие, но и давление и угрозы сокамерников. Позже Цветков отказался от самооговора.
"С самого начала и до последнего момента я твердо верил в то, что следователи во всем разберутся. И то, что они это сделали за 10 месяцев, я считаю, очень быстрый результат. В худшем случае это могло тянуться годами", – отметил Цветков.
Состояние здоровья ученого пошатнулось. За десять месяцев ареста он успел побывать в больнице с подозрением на инфаркт и целый месяц провел в Институте Сербского, где проводилась судебно-психиатрическая экспертиза.
Несмотря на сложившуюся ситуацию, все изменилось в июне 2023 года. Супруга ученого Марина Цветкова начала активно сотрудничать со СМИ, в частности, материал об уголовном преследовании Александра опубликовал РЕН ТВ.